В 1963 году на острове Южный в г. Поронайске Сахалинской области открылась школа № 3 для детей коренных малочисленных народов Севера.
На основании Постановления мэра МО «Поронайский район» №126 от 15.03.93 г. восьмилетняя школа № 3 была переименована в Технологический лицей традиционных промыслов народов Севера г. Поронайска.
На основании Постановления мэра МО «Поронайский район» №593 от 30.09.03 г. Технологический лицей традиционных промыслов народов Севера г. Поронайска был переименован в муниципальное общеобразовательное учреждение Лицей № 3 «Технологии традиционных промыслов народов Севера» г. Поронайска.
На основании Постановления Администрации городского округа «Поронайский» № 392 от 31.08.09 г. муниципальное общеобразовательное учреждение Лицей № 3 «Технологии традиционных промыслов народов Севера» г. Поронайска было переименовано в муниципальное общеобразовательное учреждение лицей-интернат № 3 «Технологии традиционных промыслов народов Севера» г. Поронайска.
На основании Постановления Администрации городского округа «Поронайский» № 343 от 20.04.2011 г. муниципальное общеобразовательное учреждение лицей-интернат № 3 «Технологии традиционных промыслов народов Севера» г. Поронайска было переименовано в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение лицей-интернат № 3 «Технологии традиционных промыслов народов Севера» г. Поронайска.
На основании Постановления Администрации Поронайского городского округа № 1401 от 31.12.2015г. муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение лицей-интернат № 3 «Технологии традиционных промыслов народов Севера» г. Поронайска переименовано в муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение школа-интернат № 3 «Технологии традиционных промыслов народов Севера» г. Поронайска